Pour ces raisons, les méthodes actuellement utilisées prennent en compte de façon limitée les relations entre modes de culture et biodiversité. Ainsi, une large part des analyses se focalisent sur la conversion des terres, et sur la perte d’espaces naturels et forestiers au profit de l’agriculture. Ces approches ne permettent pas de rendre compte des impacts des pratiques intra-parcellaires sur la biodiversité, ni d’apprécier les effets d’un changement de ces pratiques.

Les auteurs remarquent enfin que les méthodes d’évaluation ont tendance à se complexifier. Elles ne fournissent pas de résultats simples et facilement mobilisables permettant de guider les acteurs vers l’adoption de systèmes de production agricoles plus durables.